Расовая дифференциация фитопатогенной бактерии Xanthomonas campestris в зависимости от состава эффекторов третьей секреторной системы патогена
Руководитель проекта
Игнатов Александр Николаевич
ведущий научный сотрудник, главный научный сотрудник, профессорОбщая информация
Капустные растения (сем. Brassicaceae) являются ценным пищевым и промышленным ресурсом. Они используются как важные овощные (1-2 место в России), фуражные и технические культуры, занимая третье место в мировом производстве растительного масла после сои и масличной пальмы (Agricultural Statistics 2019). Считается, что в среднем бактериозы снижают урожай на 5-10%, и основная проблема состоит в отсутствии эффективных химических бактерицидов для борьбы с ними, в быстром возникновении вирулентности к расово-специфичным типам устойчивости растений. Данный проект подразумевает комплексное рассмотрение проблемы защиты культурных растений семейства Brassicaceae от сосудистого бактериоза.
Переход к высокопродуктивному и экологически чистому агрохозяйству, разработка и внедрение систем рационального применения средств защиты сельскохозяйственных растений требует расширения ассортимента устойчивых сортов растений и биологических методов и средств борьбы с болезнями. Сосудистый бактериоз капусты, вызываемый бактерией X. campestris, является наиболее вредоносным бактериальным заболеванием капустных культур, и сам патоген является модельным представителем рода Xanthomonas, поражающим более 400 видов культурных растений. Данное исследование направлено на комплексное изучение генетики патогена, поражаемого растения и внешних факторов (климатические условия), проводимое на обширной коллекции изолятов патогена, собранных в течении почти 30 лет, и растений коллекции рода Brassica.
Цели проекта
Сравнить изоляты возбудителя сосудистого бактериоза (Xanthomonas campestris), циркулирующие в России и в мире (по данным анализа исторической коллекции, собранной с 1994 г.), секвенировать геномы выбранных штаммов, оценить эффективность и усовершенствовать методы диагностики возбудителя сосудистого бактериоза.
По мере накопления генетических данных, проанализировать последовательности праймеров и зондов, применяемых в коммерческих и описанных в литературе методах ПЦР определения патогена, сделать выводы о наилучшей комбинации методов молекулярной диагностики для наиболее точного определения патогенов, а на основе ранее не изученных консервативных участков геномов бактерий предложить новые зонды и праймеры, при помощи которых будут охарактеризованы новые расы X. campestris, идентифицированы гены-кандидаты, связанные с расами и генетическими/ экологическими типами патогена.
Будет проведена оценка связи фенотипа устойчивых и восприимчивых образцов растений с молекулярными маркерами, ранее ассоциированными с резистентностью.