Орлов Юрий Львович

Биография

• 1984-1991 — студент мех.-мат. факультета Новосибирского госуниверситета (ММФ НГУ).
• 1991-2005 — сотрудник, инженер, аспирант Институт цитологии и генетики СО РАН (ИЦиГ СО РАН), Новосибирск.
• 2006-2011 — сотрудник Геномного Института Сингапура, Агентство передовых научных исследований (Genome Institute of Singapore, A-STAR)..
• 2011-2019 — старший научный сотрудник ИЦиГ СО РАН, Новосибирск.
• Работал по совместительству в Институте биологии южных морей РАН, Севастополь (2017-2019), ст. преподаватель НГУ.
• 2019-н.в. — профессор Первого МГМУ им. И.М.Сеченова Минздрава России (Сеченовский Университет) (основное место работы), профессор Аграрно-технологического института РУДН (совместитель).
• Руководил проектами РФФИ, РНФ, ФЦП.
• Членство в научных организациях: Вавиловское общество генетиков и селекционеров, HUGO – Human Genome Organization (c 2007). Член Общества регенеративной медицины. C 2016 – профессор РАН. Член Программного комитета серии конференций BGRS (Bioinformatics of Genome Regulation and Structure) в Новосибирске (с 2000 по н.-вр.) Редколлегии журналов: Ассоциированный редактор журнала Journal of Integrative Bioinformatics, Journal of Computational Biology and Bioinformatics Академический редактор журнала PeerJ.
• Преподаватель DAAD (Немецкая Служба Академических Обменов) - 2013.
• Эксперт: РНФ, РАН, РФФИ, Фонд Сколково, РФРИТ (Российский Фонд Развития Информационных Технологий).

• Veljkovic A.N., Orlov Y.L., Mitic N.S. BioGraph: Data Model for Linking and Querying Diverse Biological Metadata. International Journal of Molecular Sciences. 2023; 24(8):6954. https://doi.org/10.3390/ijms24086954 (Scopus Q1)
• Koshechkin K.A., Lebedev G.S., Fartushnyi E.N., Orlov Y.L. Holistic Approach for Artificial Intelligence Implementation in Pharmaceutical Products Lifecycle: A Meta-Analysis. Applied Sciences. 2022; 12(16):8373. doi: 10.3390/app12168373 (Q2)
• Malyukova L.S., Koninskaya N.G., Orlov Y.L., Samarina L.S. Effects of exogenous calcium on the drought response of the tea plant (Camellia sinensis (L.) Kuntze). PeerJ. 2022;10:e13997. doi: 10.7717/peerj.13997 (Q1)
• Voropaeva E.N., Pospelova T.I., Orlov Y.L., Churkina M.I., Berezina O.V., Gurazheva A.A., Ageeva T.A., Seregina O.B., Maksimov V.N. The Methylation of the p53 Targets the Genes MIR-203, MIR-129-2, MIR-34A and MIR-34B/C in the Tumor Tissue of Diffuse Large B-Cell Lymphoma. Genes. 2022; 13(8):1401. doi: 10.3390/genes13081401 (Q2)
• Anashkina A.A., Rubin A.B., Gudimchuk N.B., Vanin A.F., Tsygankov A.A., Orlov Y.L. An open call for contributions to a special issue of Biophysical Reviews highlighting the research themes of VII Congress of Russian Biophysicists 2023. Biophysical Reviews (2022). doi: 10.1007/s12551-022-00998-8 (Scopus Q1)
• Дохоян А.Ю., Глущенко М.В., Орлов Ю.Л. Реконструкция генной сети шизофрении для поиска генов-мишеней. Ульяновский медико-биологический журнал. 2022; 3: 6–22. doi: 10.34014/2227-1848-2022-3-6-22. (РИНЦ)
• Orlov Y.L., Chen W.L., Sekacheva M.I., Cai G., Li H. Editorial: High-Throughput Sequencing-Based Investigation of Chronic Disease Markers and Mechanisms. Frontiers in Genetics. 2022;13:922206. doi: 10.3389/fgene.2022.922206. (Q2)
• Orlov Y.L., Ivanisenko V.A., Dobrovolskaya O.B., Chen M. Plant Biology and Biotechnology: Focus on Genomics and Bioinformatics. International Journal of Molecular Sciences. 2022;23(12):6759. doi: 10.3390/ijms23126759. (Q1)
• Samarina L.S., Malyarovskaya V.I., Rakhmangulov R.S., Koninskaya N.G., Matskiv A.O., Shkhalakhova R.M., Orlov Y.L., Tsaturyan G.A., Shurkina E.S., Gvasaliya M.V., Kuleshov A.S., Ryndin A.V. Population Analysis of Diospyros lotus in the Northwestern Caucasus Based on Leaf Morphology and Multilocus DNA Markers. International Journal of Molecular Sciences. 2022 Feb 16;23(4):2192. doi: 10.3390/ijms23042192. (Q1)
• Das R., Tatarinova T.V., Galieva E.R., Orlov Y.L. Editorial: Association between individuals’ genomic ancestry and variation in disease susceptibility. Frontiers in genetics. 2022; 13, 831320. DOI: 10.3389/fgene.2022.831320 (Q2)
• Dergilev A.I., Orlova N.G., Dobrovolskaya O.B., Orlov Y.L. Statistical estimates of multiple transcription factors binding in the model plant genomes based on ChIP-seq data. J Integr Bioinform. 2021 Dec 21;19(1):20200036. doi: 10.1515/jib-2020-0036. (Q2)
• Anashkina A.A.; Petrushanko I.Y.; Ziganshin R.H.; Orlov Y.L.; Nekrasov A.N. Entropy Analysis of Protein Sequences Reveals a Hierarchical Organization. Entropy 2021; 23, 1647. doi: 10.3390/e23121647 (Q2)
• Gubanova N.V., Orlova N.G., Dergilev A.I., Oparina N.Y., Orlov Y.L. Glioblastoma gene network reconstruction and ontology analysis by online bioinformatics tools. Journal of Integrative Bioinformatics. 2022. 18, 20210031. doi: 10.1515/jib-2021-0031 (Q1)
• Orlov Y.L., Tatarinova T.V., Anashkina A.A. "Bioinformatics Applications to Reveal Molecular Mechanisms of Gene Expression Regulation in Model Organisms" International Journal of Molecular Sciences 2021. 22, no. 21: 11973. doi: 10.3390/ijms222111973 (Q1)
• Anashkina A.A., Leberfarb E.Y., Orlov Y.L. Recent Trends in Cancer Genomics and Bioinformatics Tools Development. Int. J. Mol. Sci. 2021, 22, 12146. doi: 10.3390/ijms222212146 (Q1)
• Orlov Y.L., Anashkina A.A. Life: Computational Genomics Applications in Life Sciences. Life 2021, 11, 1211. doi: 10.3390/life11111211 (Q1)
• Orlov Y.L., Anashkina A.A., Tatarinova T.V., Baranova A.V. Editorial: Bioinformatics of Genome Regulation, Volume II. Frontiers in Genetics, 2021; 12, 2234 DOI:10.3389/fgene.2021.795257 (Q2)
• Orlov Y.L., Tatarinova T.V., Oparina N.Y., Galieva E.R., Baranova A.V. Editorial: Bioinformatics of Genome Regulation, Volume I. Front. Genet. 2021, 12:803273. doi: 10.3389/fgene.2021.803273 (Q2)
• Orlov Y.L., Anashkina A.A., Klimontov V.V., Baranova A.V. Medical Genetics, Genomics and Bioinformatics Aid in Understanding Molecular Mechanisms of Human Diseases. International Journal of Molecular Sciences. 2021; 22(18):9962. doi: 10.3390/ijms22189962 (Q1)
• Gubanova N.V., Tsygankova A.R., Zavjalov E.L., Romashchenko A.V., Orlov Y.L. Biodistribution of 10B in Glioma Orthotopic Xenograft Mouse Model after Injection of L-para-Boronophenylalanine and Sodium Borocaptate. Biomedicines. 2021;9(7):722. doi: 10.3390/biomedicines9070722. (Q1)
• Орлов Ю.Л., Галиева А.Г., Орлова Н.Г., Иванова Е.Н., Мозылева Ю.А., Анашкина А.А. Реконструкция генной сети болезни Паркинсона для поиска генов-мишеней. Биомедицинская химия, 2021, 67(3): 222-230 doi: 10.18097/PBMC20216703222 (Q4)
• Тийс Р.П., Осипова Л.П., Галиева Э.Р., Личман Д.В., Воронина Е.Н., Мелихова А.В., Орлов Ю.Л., Филипенко М.Л. Полиморфизм вариантов гена N-ацетилтрансферазы 2 (NAT2) и анализ генной сети. Биомедицинская химия, 2021, 67(3): 213-221 doi:10.18097/PBMC20216703213 (Q4)
• Gerasimov A., Galkina E., Danilova E., Ikonnikova I., Novoselova T., Orlov Y.L., Senenycheva I. 2021. Estimation of the probability of daily fluctuations of incidence of COVID-19 according to official data. PeerJ 9:e11049 doi: 10.7717/peerj.11049 (Q1)
• Eslami G., Hatefi S., Ramezani V., Tohidfar M., Churkina T.V., Orlov Y.L., Hosseini S.S., Boozhmehrani M.J., Vakili M. Molecular characteristic of treatment failure clinical isolates of Leishmania major. PeerJ. 2021;9:e10969. doi: 10.7717/peerj.10969. (Q1)
• Wang J., Orlov Y.L., Li X., Zhou Y., Liu Y., Yuan C., Chen M. In situ dissecting the evolution of gene duplication with different histone modification patterns based on high-throughput data analysis in Arabidopsis thaliana. PeerJ 2021; 9:e10426 doi: 10.7717/peerj.10426 (Q1)
• Subkhankulova T., Naumenko F., Tolmachov O.E., Orlov Y.L. Novel ChIP-seq simulating program with superior versatility: isChIP. Briefings in Bioinformatics. 2021; 22(4):bbaa352. doi: 10.1093/bib/bbaa352. (Q1)
• Samarina L.S., Bobrovskikh A.V., Doroshkov A.V., Malyukova L.S., Matskiv A.O., Rakhmangulov R.S., Koninskaya N.G., Malyarovskaya V.I., Tong W., Xia E., Manakhova K.A., Ryndin A.V., Orlov Y.L.Comparative expression analysis of stress-inducible candidate genes in response to cold and drought in tea plant (Camellia sinensis (L.) Kuntze) Front. Genet. 2020; 11:611283 doi: 10.3389/fgene.2020.611283 (Q2)
• Voropaeva E.N., Orlov Y.L., Pospelova T.I., Gurageva A.A., Voevoda M.I., Maksimov V.N., Seregina O.B., Churkina M.I. The rs78378222 prevalence and the copy loss of the protective allele A in the tumor tissue of diffuse large B-cell lymphoma. PeerJ. 2020;8:e10335. doi: 10.7717/peerj.10335. (Q1)
• Orlov Y.L., Ignatov A.N., Galieva E.R., Dobrovolskaya O.B. Microbiology research at the systems biology and bioinformatics - 2019 (SBB-2019) school. BMC Microbiology. 2020; 20(Suppl 2):348 (2020). doi: 10.1186/s12866-020-02038-5 (Q2)
• Tatarinova T.V., Baranova A.V., Anashkina A.A., Orlov Y.L. Genomics and Systems Biology at the "Century of Human Population Genetics" conference. BMC Genomics. 2020, 21(Suppl 7):592. doi:10.1186/s12864-020-06993-1. (Q1)
• Samarina LS, Malyukova LS, Efremov AM, Simonyan TA, Matskiv AO, Koninskaya NG, Rakhmangulov RS, Gvasaliya MV, Malyarovskaya VI, Ryndin AV, Orlov YL, Tong W, Hanke MV. Physiological, biochemical and genetic responses of Caucasian tea (Camellia sinensis (L.) Kuntze) genotypes under cold and frost stress. PeerJ. 2020;8:e9787. doi: 10.7717/peerj.9787. (Q1)
• Orlov Y.L., Baranova A.V., Tatarinova T.V. Bioinformatics Methods in Medical Genetics and Genomics. International Journal of Molecular Sciences. 2020;21(17):6224. doi: 10.3390/ijms21176224. (Q1)
• Orlov Y.L., Galieva E.R., Tatarinova T.V. Bioinformatics research at SBB-2019. BMC Bioinformatics. 2020; 21(Suppl 11):366. doi: 10.1186/s12859-020-03712-1. (Q1)
• Tatarinova TV, Tabikhanova LE, Eslami G, Bai H, Orlov YL. Genetics researches at the “Centenary of human population genetics” conference and SBB-2019. BMC Genetics. 2020;21(Suppl 1): 109. DOI: 10.1186/s12863-020-00906-7 (Q2)
• Orlov Y.L., Voropaeva E.N., M.Chen, Baranova A.V. Medical genomics at the Systems Biology and Bioinformatics (SBB-2019) school. BMC Med Genomics. 2020; 13(Suppl 8):127. doi: 10.1186/s12920-020-00786-x. (Q2)
• Baranova A.V., Leberfarb E.Yu., Lebedev G.S., Orlov Y.L. Medical genetics studies at the SBB-2019 and MGNGS-2019 conferences. BMC Med Genetics. 2020; 21(Suppl 1):186. doi: 10.1186/s12881-020-01109-8 (Q3)
• Orlov Y.L. and Baranova A.V. (2020) Editorial: Bioinformatics of Genome Regulation and Systems Biology. Front. Genet. 11:625. doi: 10.3389/fgene.2020.00625 11:625. (Q2)
• Babenko V., Babenko R., Orlov Y. Analyzing a putative enhancer of optic disc morphology. BMC Genetics 2020;21(Suppl 1):73. doi: 10.1186/s12863-020-00873-z (Q2)
• Lebedev G., Polikarpov A., Golubev N., Tyurina E., Serikov A., Selivanov D., Orlov Y. The Geographic Information System of the Russian Ministry of Health. // In: Czarnowski I., Howlett R., Jain L. (eds) Intelligent Decision Technologies. IDT 2020. Smart Innovation, Systems and Technologies, vol 193. Pp.403-411. Springer, Singapore, DOI: 10.1007/978-981-15-5925-9_34
• Orlov Y.L., Bragin A.O., Babenko R.O., Dresvyannikova A.E., Kovalev S.S., Shaderkin I.A., Orlova N.G., Naumenko F.M. Integrated Computer Analysis of Genomic Sequencing Data Based on ICGenomics Tool // In: Advances in Intelligent Systems, Computer Science and Digital Economics. Hu Z., Petoukhov S., He M. (eds): CSDEIS 2019, AISC 1127, International Journal of Intelligent Systems and Applications (IJISA) pp. 154–164, 2020. doi: 10.1007/978-3-030-39216-1_15
• Kovalev S.S., Fateev O.D., Dergilev A.I., Kavai-ool U.N., Orlov Y.L. Reconstruction of Dementia Gene Network Using Online Bioinformatics Tools. 2020; Cognitive Sciences, Genomics and Bioinformatics (CSGB) IEEE Xplore digital library. eCF Paper ID: 264840, pp 215-219. Doi: 10.1109/CSGB51356.2020.9214618
• Dergilev A., Orlov Y.L. Statistical problems of clusters of transcription factor binding sites in plant genomes. 2020; Cognitive Sciences, Genomics and Bioinformatics (CSGB) IEEE Xplore digital library. eCF Paper ID: 264845, pp 233-235. Doi: 10.1109/CSGB51356.2020.9214705
• Ghasemi F., Khatami M., Heidari M.M., Tabikhanova L.E., Orlov Y.L. Consideration of pathogenicity of nsSNVs in CDKN2A gene, as a new tumor marker for leukemia, using bioinformatics methods. 2020; Cognitive Sciences, Genomics and Bioinformatics (CSGB) IEEE Xplore digital library. eCF Paper ID 264846, pp 85-87. Doi: 10.1109/CSGB51356.2020.9214605
• Орлов Ю.Л., Ковалев С.С., Дергилев А.И., Бабенко Р.О., Галиева Э.Р., Леберфарб Е.Ю. Компьютерные методы для анализа технологий секвенирования в анализе хромосомных контактов в клетке. Материалы IV Национального конгресса по регенеративной медицине. Гены и клетки Том XIV №4-1, 2019. C. 171.
• Орлов Ю. Л., Ковалев С. С., Белоусова Ю. П., Орлова Н. Г., Леберфарб Е. Ю. Транскриптомное секвенирование в культурах клеток глиом и анализ данных экспрессии генов. Гены и клетки. Том XIV, №3, 2019. C. 111.
• Воропаева Е.Н., Чердынцева Н.В., Воевода М.И., Поспелова Т.И., Максимов В.Н., Орлов Ю.Л., Агеева Т.А. Tройные гаплотипы гена ТР53 у больных диффузной В-мелкоклеточной лимфомой. Генетика, 2019, 55(12): 1471–1475. DOI: 10.1134/S0016675819120130 (Q4)
• Ahmadian S., Orlov Y.L, Maurady A., Eslami G., Hosseini S.S. RNA Polymerase II gene expression in clinical Leishmania major isolates with no-response-to-drug pattern. Biointerface Research in Applied Chemistry. 2019; 9(4), 4126 -4130. DOI: 10.33263/BRIAC94.126130 (Q4)
• Orlov Y.L., Galieva E.R., Melerzanov A.V. Computer genomics research at the bioinformatics conference series in Novosibirsk. BMC Genomics. 2019;20(Suppl 7):537. doi: 10.1186/s12864-019-5846-3. (Q1)
• Baranova A.V., Skoblov M.Y., Voropaeva E.N., Shanmughavel P., Orlov Y.L. Medical genetics studies at BGRS conference series. BMC Med Genet. 2019;20(Suppl 1):50. doi: 10.1186/s12881-019-0769-z. (Q2)
• Orlov Y.L. (2019). 5-th international scientific conference of “plant genetics, genomics, bioinformatics, and biotechnology” (24 -29 June 2019, Novosibirsk, Russia). Journal of Food Quality and Hazards Control. 6(1): 41-41. DOI: 10.18502/jfqhc.6.1.458(Q3)
• Baranova A.V., Klimontov V.V., Letyagin A.Y., Orlov Y.L. Medical genomics research at BGRS-2018. BMC Medical Genomics. 2019, 12(Sup.2):36. DOI: 10.1186/s12920-019-0480-0 (Q1)
• Voropaeva E.N., Pospelova T.I., Voevoda M.I., Maksimov V.N., Orlov Y.L., Seregina O.B. Clinical aspects of TP53 gene inactivation in Diffuse Large B-cell Lymphoma. BMC Medical Genomics. 2019 12 (Suppl 2) 35. DOI: 10.1186/s12920-019-0484-9 (Q1)
• Orlov Y.L., Hofestädt R., Tatarinova T.V. Bioinformatics research at BGRS\SB-2018. Journal of Bioinformatics and Computational Biology. 2019; 17(1): 1902001 (4 pages) DOI: 10.1142/S0219720019020013 (Q3)
• В.М. Горшков, Л.С. Самарина, Р.В. Кулян, В.И. Маляровская, А.В. Рындин, Р.С. Рахмангулов, Ю.Л. Орлов. Проблемы сохранения in vitro гермоплазмы цитрусовых. Вавиловский журнал генетики и селекции. 2019;23(1):24-28 DOI 10.18699/VJ19.457 (Q3)
• Tatarinova T.V., Chen M., Orlov Y.L. Bioinformatics research at BGRS-2018. BMC Bioinformatics, 2019, 20(Suppl 1):33. doi: 10.1186/s12859-018-2566-7 (Q1)
• Orlov Y.L., Baranova A.V., Kolchanov N.A., Moroz L.L. Evolutionary biology and biodiversity research at BGRS-2018. BMC Evolutionary Biology. 2019; 19 (Suppl 1):43 DOI: 10.1186/s12862-019-1368-5 (Q1)
• Orlov Y.L., Hofestädt R., Baranova A.V. Systems biology research at BGRS-2018. BMC Systems Biology. 2019; 13(Suppl 1):21 DOI: 10.1186/s12918-019-0685-z (Q1)
• Orlov Y.L., Salina E.A., Eslami G., Kochetov A.V. Plant biology research at BGRS-2018. BMC Plant Biol. 2019; 19 (Suppl 1):56 DOI: 10.1186/s12870-019-1634-0 (Q1)
• Orlov Y.L., Tatarinova T.V., Kochetov A.V. Computational models in genetics at BGRS-2018. BMC Genetics. 2019, 20(Suppl 1):28. doi: 10.1186/s12863-019-0724-1 (Q2)
• Orlov Y.L., Kochetov A.V., Li G., Kolchanov N.A. Genomics research at bioinformatics of genome regulation and structure\ systems biology (BGRS\SB) conferences in Novosibirsk. BMC Genomics 2019; 20(Suppl 3):322 DOI: 10.1186/s12864-019-5534-3 (Q2)
• Fedoseeva L.A., Klimov L.O., Ershov N.I., Efimov V.M., Markel A.L., Orlov Y.L., Redina O.E. The differences in brain stem transcriptional profiling in hypertensive ISIAH and normotensive WAG rats. BMC Genomics. 2019; 20(Suppl 3):297 doi:10.1186/s12864-019-5540-5 (Q1)
• Ширдели M., Орлов Ю.Л., Ислами Г., Хаджимохаммади Б., Табиханова Л.Э., Ихрампуш М.Х., Резвани М.Э., Фаллахзаде Х., Занди Х., Хоссейни С., Ахмадиан С., Мортазави Ш., Фаллахи Р., Асади-Юсефабад C. (2019) Тестирование безопасности продуктов из генетически модифицированного риса: экспериментальное исследование на крысах Спраг-Доули. Генетика. 2019, 55(8), 912-919 (Q4)